Raffaella Neri è professore associato in Composizione architettonica e urbana; insegna alla Scuola di Architettura Civile del Politecnico di Milano e dal 2003 è membro del Collegio dei Docenti del Dottorato di Ricerca in Composizione architettonica dello IUAV di Venezia. Ha insegnato alla Facoltà di Architettura di Camerino (sede di Ascoli Piceno) e allo IUAV di Venezia.
È dottore di ricerca in Composizione architettonica (IUAV Venezia, 1993) con la tesi "Saggio sulla costruzione. Una ricerca sul ruolo della costruzione nel progetto di architettura in rapporto a tipologia e decorazione".
Svolge attività di ricerca su temi che riguardano la teoria dell'architettura, il ruolo della costruzione nel progetto e i principi di composizione urbana nella città moderna.
Ha condotto un lavoro di analisi sugli studi teorici in Italia con un gruppo di ricercatori, ("Un primo rapporto sulla teoria dell'architettura. Italia 1945-98") per il convegno del CNR "Il progetto di architettura", 1998.
Ha lavorato alla organizzazione della mostra "Il centro altrove. Periferie e nuove centralità nell'area metropolitana", coordinata da A. Monestiroli, per la Triennale di Milano (1995); ha organizzato seminari e convegni, fra cui "La modernità del classico", Fermignano 1996 (con B. Secchi e P. Viganò).
Dal 1998 al 2000 è stata condirettore (con F. Bucci) della collana "Ex-cathedra", lezioni di architettura, Unicopli, Milano.
Negli ultimi anni ha studiato il tema della residenza e dei principi insediativi urbani in aree di trasformazione (scali ferroviari, caserme dismesse, ecc); su questi argomenti ha organizzato mostre e pubblicato diversi scritti.
Ha partecipato a numerosi concorsi e a workshop di progettazione. Nel 1996 ha vinto il Premio Nazionale di Architettura Luigi Cosenza con il progetto "Un collegio per Pavia".